La Facultad de Química se organiza en Departamentos docentes que incluyen Áreas que desarrollan diversas líneas de investigación. La Maestría y Doctorado en Química pueden realizarse en cualquiera de las temáticas de investigación desarrolladas en la Facultad, asi como en líneas de investigación desarrolladas en otras instituciones y que tengan a la Química como eje central. El listado de las Áreas dentro de Facultad y de otras instituciones con el buscador de Directores de Tesis puede consultarse aquí.
Para desarrollar una tesis de posgrado en Química se necesita al menos un Tutor Académico y un Tutor de Tesis. El primero orienta al estudiante en aspectos curriculares de su programa de posgrado, mientras que el segundo orienta en aspectos específicos de su trabajo de investigación (tesis). AAmbos tutores pueden coincidir en una misma persona en el caso de docentes de la Facultad de Química. En otros casos, el Tutor Académico debe ser docente de Facultad de Química, mientras que el Tutor de Tesis puede pertenecer a otras instituciones. En todos los casos, los tutores deben formar parte del Registro de Directores de Tesis de Facultad de Química. En caso de no pertencer a dicho registro, se debe solicitar el ingreso.