La demostración del agente causal se puede realizara en las secreciones respiratorias, preferentemente en los primeros días de la enfermedad. En el curso de una epidemia es importante el diagnóstico etiológico de los primeros casos, no requiriéndose en todos los afectados. Los métodos disponibles son:
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Aislamiento por cultivo en huevos embrionados o en sistemas de cultivos primarios de células, permite recuperar el virión, es el diagnóstico de referencia, permite la caracterización viral, los ensayos de sensibilidad a antivirales y la secuenciación del genoma
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Métodos de detección rápidos, basados en la detección de antígenos virales, tienen mayor sensibilidad en niños, porque excretan mayor cantidad de virus, y en todas las edades son mas sensibles en los primeros días de enfermedad y con muestras de nasofaringe más que de faringe. Varían en su habilidad para detectar los tipos A y B, y en su aceptabilidad como diagnóstico rápido para utilizar al lado del paciente. El antígeno viral puede detectarse en secreciones respiratorias por varios días luego de que no se recupera el virus por cultivo. Los ensayos disponibles son actualizados permanentemente en el sitio www.cdc.gov/flu/professionals/labdiagnosis
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Serlogía, la respuesta de anticuerpos contra la hemoaglutinina, se detecta en 80% de las infecciones humanas por influenza, luego de una infección primaria se detecta la serconversión para anticuerpos de clase IgG, IgA e IgM y en una respuesta secundaria se detectan anticuerpos de clase IgG e IgA. Se utilizan ensayos de inhibición por anticuerpos de la hemoaglutinación
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RT-PCR , aumenta la posibilidad de detección de virus por su mayor sensibilidad y se utiliza para su tipificación